Diketahui, sebelum terjadi peristiwa pembakaran Ponpes Alkhairaat, pada Minggu (27/3) terjadi bentrok antar dua kelompok pemuda Desa Gosoma dan Jalan Baru Desa Gamsungi Kecamatan Tobelo.
Bentrokan itu dipicu insiden ketika salah satu pemuda Jalan Baru bernama Erik (20), menabrak palang jalan depan Gereja Siloam Gosoma dengan sepeda motor menjelang magrib.
Palang tersebut dipasang karena warga setempat sedang menggelar ibadah paskah. Erik pun dihajar warga yang berada di lokasi kejadian. Tak terima perlakukan itu, Erik memberitahukan rekan-rekannya. Mereka kemudian menuju ke Gosoma dan melempar warga yang memukul Erik.
Kedua kelompok pun saling melempari. Bahkan satu unit bentor dibakar. Tak berapa lama kemudian, polisi tiba di lokasi dan melakukan pengamanan, sehingga aksi ini berhasil diredam.
Namun pada Senin (28/3) pukul 04.00 WIT jelang subuh, warga dikagetkan dengan terbakarnya Ponpes Alkhairaat di Desa Gosoma. Empat ruangan kelas dan satu ruang guru ludes terbakar. Rumah ibadah yang berada di samping sekolah itu dilempari hingga kacanya pecah. Aksi anarkis ini dilakukan banyak orang.